На десятом году епископства Иоанна власть в Армении принял Пазиник, муж сестры святителя – Марии. Новый правитель стал властно вмешиваться в духовные и церковные дела. В Церкви начались нестроения. Тогда святой Иоанн отправился в Константинополь и через архиепископа Евфимия просил императора Зенона защитить Армянскую Церковь от грубых посягательств.

 Удручаемый мирской бранью, Иоанн тайно оставил епископию и отплыл в Иерусалим. Со слезами молил он Бога указать место, где ему жить и спастись. Явилась яркая звезда, которая привела Иоанна в Лавру преподобного Саввы. Иоанн, скрывший свое епископское достоинство, был принят в число братии простым послушником. По поручению святого игумена Саввы (память 5 декабря) преподобный Иоанн более 4-х лет выполнял самые тяжелые работы на строительстве странноприимного дома и монастыря для новоначальных монахов. Видя смирение и трудолюбие Иоанна, святой Савва счел его достойным рукоположения во пресвитера. Святителю пришлось открыть тайну патриарху Иерусалимскому Илии (494–517). По благословению первоиерарха Иерусалимской Церкви преподобный Иоанн принял обет молчания. Вскоре Господь открыл тайну Иоанна святому Савве. Четыре года провел преподобный Иоанн в келлии, никого не принимая и не выходя даже в церковь.

 Желая еще большего уединения и сугубого воздержания, преподобный Иоанн покинул Лавру и удалился в пустыню, где провел более девяти лет, питаясь травами. Здесь он пережил опустошительный набег сарацинов и не погиб только потому, что Господь послал ему защитника – свирепого льва, при виде которого враги, не раз хотевшие убить преподобного, в страхе разбегались. Предание рассказывает о многих чудесах, явленных по молитве святого Иоанна во время его жизни в пустыне.

 Когда святой игумен Савва, надолго уходивший в Скифополь, вернулся, он уговорил преподобного Иоанна оставить пустыню и вновь поселиться в обители. После этого Господь чудесным образом открыл всем насельникам Лавры, что Иоанн – епископ.

 Когда преподобному Иоанну было семьдесят лет, скончался святой и Богоносный отец, игумен Савва. Святитель глубоко скорбел об усопшем. Святой Савва явился ему в видении и, утешив, предсказал, что Иоанну предстоит много потрудиться в борьбе с ересью. И, действительно, Иоанн должен был покинуть свою келлию, чтобы укрепить братию в борьбе с ересью оригенитов.

 Преподобный Иоанн Молчальник провел в Лавре преподобного Саввы Освященного 66 лет. Неустанным иноческим подвигом, неусыпной молитвой, смиренномудрием стяжал Иоанн благодать Святого Духа: по его молитве совершались многие чудеса; тайные мысли людей были для святителя явными; он исцелял больных и бесноватых; еще при жизни своей спасал от неминуемой гибели призывавших его имя; из семени смоковницы, брошенного святителем в сухую почву, произросло прекрасное дерево и принесло плоды.

 В возрасте 104 лет преподобный Иоанн Молчальник с миром отошел ко Господу.